A COPASA ao preservar diversas áreas verdes garante a proteção de várias espécies da flora e fauna nativas dos ecossistemas presentes no estado de Minas Gerais.  Desde orquídeas, que ocorrem em áreas de vegetação de canga ferruginosa nas áreas do quadrilátero ferrífero de Minas, ate os lobos-guarás da região do semi-árido mineiro nos campos da região de Montes Claros, há um grande número de espécies protegidas, componentes do que chamamos de biodiversidade.  Algumas das espécies protegidas só são encontradas em locais restritos das reservas ambientais, são as chamadas espécies endêmicas.

A empresa também mantém programas de plantio de espécies da flora nas bacias hidrográficas utilizadas para abastecimento público, o que contribui diretamente sobre a fauna local uma vez que há uma estreita relação entre a preservação da vegetação e as fontes de alimentação para as diversas espécies nativas, a chamada cadeia alimentar.

Desde a década de 80 são desenvolvidos trabalhos científicos e teses de mestrado e doutorado que tiveram como área de estudo as reservas protegidas pela COPASA e estão disponíveis na Biblioteca da COPASA.